ՊԵԿ-ում Հայաստանի օմբուդսմենի կողմից իրականացաված ստուգումները ցույց են տվել, որ առանձին դեպքերում հարկ վճարողների ներկայացրած հաշվարկների ու հաշվետվությունների կոմիտեի աշխատակիցների կողմից վերլուծություններն ու ուսումնասիրությունները չեն կատարվել ժամանակին և պատշաճ, իսկ աշխատանքները արդյունավետ չեն կազմակերպվել: «Ավելացված արժեքի հարկի մասին» ՀՀ օրենքում կատարված փո¬փո¬խու¬թյու¬ն¬ները, որոնք ընդունվել են հապճեպ և առանց հանրային քննարկման, գնահատվում են բացասական:
Մաքսային միջնորդների և տնտեսվարող սուբյեկտների համար ՊԵԿ-ի կողմից տարեկան կտրվածքով կազմակերպվել է հայտարարագրերի ներկայացման ուսուցման ընդամենը երկու կամ երեք դասընթաց: Արդյունքում, դեռևս ցածր է տնտեսվարող սուբյեկտների կողմից ինքնահայտարարագրման գործընթացի մակարդակը, մինչդեռ մեծ է մաքսային միջնորդների կողմից ներկայացված հայտարարագրերի քանակը:
Պետկառույցի աշախատանքների վերաբերյալ դրական եզրակացություններից ՀՀ օմբուդսմենը նշել է հարկային և մաքսային հսկողության բնագավառում համատարած ստուգումներից ամբողջական անցումը ռիսկային չափանիշների հիման վրա ստուգումների համակարգին: Բացի այդ, 2011 թվականին Պետական եկամուտների կոմիտեն քայլեր է ձեռնարկել հնարավորինս բացառելու հար¬կա¬տու-տեսուչ շփումը՝ փոխարենը ներդնելով էլեկտրոնային եղանակով հաշվետվությունների հա¬մակարգը:
