2006 թվականին սկսվել է Հայաստանի եւ ՆԱՏՕ-ի Անհատական գործընկերության գործողությունների ծրագրի (ԱԳԳԾ) իրագործման առաջին երկամյա փուլը: Ինչպես նշվում է Հայաստանի արտգործնախարարության գործնեության տարեկան հաշվետվության մեջ, ԱԳԳԾ-ի հանձնաժողովը, որը պատասխանատու է ծրագրի իրականացման համար, տարվա ընթացքում անցկացրել է ութ նիստ: Մայիսին կայացել է Հայաստանի ԱԳԳԾ-ի իրականացման գործընթացի առաջին, միջանկյալ գնահատման այցը: Հունիսին 26+1 ձեւաչափով կայացել է Հյուսիսատլանտյան խորհուրդ - Հայաստան համատեղ նիստը, որին մասնակցել են ՀՀ ԱԳ եւ պաշտպանության նախարարները: Տարվա ընթացքում ԱԳԳԾ-ի իրականացման շրջանակներում Հայաստան են այցելել ՆԱՏՕ-ի բազմաթիվ պատվիրակություններ, այդ թվում երկու այց է կատարել Հարավային Կովկասում ՆԱՏՕ-ի Գլխավոր քարտուղարի հատուկ ներկայացուցիչը: Երեւանում բացվել եւ արդեն գործում է ՆԱՏՕ-ի Տեղեկատվական կենտրոնը: ՆԱՏՕ-ի կողմից կազմավորված Միջազգային խորհրդատվական խումբը աջակցել է ՀՀ Ազգային անվտանգության հայեցակարգի նախագծի մշակմանը:

Հաշվետվության մեջ նշվում է, որ 2006 թվականի ընթացքում Հայաստանը շարունակել է ակտիվորեն մասնակցել Հավաքական անվտանգության պայմանագրի կազմակերպության (ՀԱՊԿ) աշխատանքներին: Մասնավորապես, մարտին կայացել է ՀԱՊԿ Գլխավոր քարտուղար Նիկոլայ Բորդյուժայի հերթական աշխատանքային այցը Հայաստան: Հունիսին Մինսկում գումարվել է Հավաքական Անվտանգության Խորհրդի (ՀԱԽ) գագաթաժողովը, այնուհետեւ նաեւ ՀԱՊԿ անդամ պետությունների Արտաքին գործերի նախարարների խորհրդի (ԱԳՆԽ), պաշտպանության նախարարների (ՊՆԽ) եւ Անվտանգության խորհրդի քարտուղարների կոմիտեի (ԱԽՔԿ) համատեղ նիստերը: