Գուրգեն Մարգարյանի սպանության գործով ՀՀ կառավարությունը ՄԻԵԴ-ում ներգրավվել է որպես 3-րդ կողմ և սպառիչ ներկայացրել է իր դիրքորոշումը թե՛ Հունգարիայի կառավարության գործողությունների, թե՛ Ադրբեջանի կառավարության, մասնավորապես, Ադրբեջանի նախագահի գործողությունների վերաբերյալ: Այս մասին հայտարարել է ՄԻԵԴ-ում ՀՀ կառավարության լիազոր ներկայացուցիչ Գևորգ Կոստանյանը «Արմենիա» հեռուստաընկերության «Ռ-էվոլյուցիա» հաղորդմանը տված հարցազրույցում, հայտնում է Aysor.am-ը:

«Մենք հիմնավորել ենք, որ Հունգարիայի կառավարության գործողություններն ուղղակիորեն հանգեցրել են եվրոպական կոնվենցիոն իրավունքների և միջազգային փաստաթղթերի խախտմանը: Միաժամանակ հիմնավորել ենք, որ Ադրբեջանի կառավարության, իսկ ավելի շատ՝ Ադրբեջանի նախագահի գործողությունը՝ Ռամիլ Սաֆարովին ներում շնորհելը, ինքնին, որպես առանձին ակտ, խախտել է եվրոպական ամենակարևոր արժեքը՝ կյանքի իրավունքի նկատմամբ հարգանքը: Եվ ես համոզմունք ունեմ, որ մենք առնվազն եկող տարվա մեջ կունենանք վճիռ: Հույս ունեմ, որ այդ վճռով հստակ կարձանագրվի և՛ հունգարական կառավարության, և՛ հատկապես Ադրբեջանի նախագահի գործողությունների անօրինականությունը, և՛ կոնվենցիոն հակասությունը»,- ասել է Գ. Կոստանյանը:

Կոստանյանը հայտնել է նաև, որ ՄԻԵԴ վճիռներով Հայաստանն ունի 924 000, իսկ Ադրբեջանը՝ 2,5 մլն եվրոյի վճարման պարտավորություն:

2004-ի փետրվարի 19-ին լեյտենանտ Գուրգեն Մարգարյանը Բուդապեշտում գազանաբար կացնահարվեց ադրբեջանցի սպա, ավագ լեյտենանտ Ռամիլ Սաֆարովի կողմից: Երկուսն էլ Բուդապեշտում մասնակցում էին ՆԱՏՕ-ի «Գործընկերություն հանուն խաղաղության» ծրագրի շրջանակներում կազմակերպված անգլերեն լեզվի դասընթացներին:

2006-ի ապրիլի 13-ին մարդասպանը Բուդապեշտում դատապարտվեց ցմահ բանտարկության՝ 30 տարվա ընթացքում առանց ներման իրավունքի: Հայաստանի նախագահ Ռոբերտ Քոչարյանի հրամանագրով Գուրգեն Մարգարյանը 2005-ի փետրվարի 19-ին հետմահու պարգևատրվեց «Արիության համար» մեդալով՝ ծառայության ընթացքում դրսևորած արիության ու ինքնազոհողության համար: Օգոստոսի 31-ին Սաֆարովը Հունգարիայի կողմից արտահանձնվեց Ադրբեջանին, որտեղ անհապաղ ներում ստացավ՝ նրան շնորհվեց մայորի կոչում, նոր բնակարան, վճարվեց 8 տարվա աշխատավարձը: Ի պաստասխան Հայաստանը կասեցրեց դիվանագիտական հարաբերությունները Հունգարիայի հետ: Մինչդեռ հունգարական կողմը պնդում է, որ Բաքուն հավաստիացումներ է տվել, որ Սաֆարովը կշարունակի կրել պատիժն Ադրբեջանում, ոչ պակաս քան 25 տարի: